Behördenbezeichnung mit Staatswappen: Bayerisches Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit

Next Generation Sequencing als Verfahren zur Kerngenom-Typisierung von lebensmittelpathogenen Bakterien in Kombination mit der Erstellung einer Typisierungsdatenbank für Human-, Veterinär- und Lebensmittelisolate

Kurzbeschreibung

In diesem Projekt soll

  1. die Technologie des Next Generation Sequencing (NGS) zur Typisierung von Lebensmittelpathogenen anhand ihrer Kerngenome etabliert, validiert und anschließend in der Routinediagnostik eingesetzt werden.

  2. eine Typisierungsdatenbank für Human-, Veterinär-, Lebensmittel- und Umweltisolate erstellt werden, die alle zu den Isolaten relevanten Daten enthält und so einen schnellen, interdisziplinären Abgleich ermöglicht. Hierdurch sollen mögliche Zusammenhänge zwischen humanen Erkrankungsfällen, Lebensmitteln und der Primärproduktion zeitnah ermittelt und dadurch eine Möglichkeit geschaffen werden, den Eintrag von Zoonoseerregern in die Lebensmittelkette besser zu kontrollieren.

Die NGS -Technologie stellt nach dem Stand der Technik die am höchsten auflösende genetische Methode dar und soll den Workflow der Routineanalytik im Rahmen der amtlichen Überwachung hinsichtlich des Zeit/Kostenfaktors optimieren. In Kombination mit einer geeigneten Auswertung der Daten, wie dem Vergleich der Kerngenomsequenzen (core genome multilocus sequence typing, cgMLST) hat NGS das Potential, Bakterienisolate einer Art viel präziser und schneller zu differenzieren als mit den bislang in der Routine eingesetzten Typisierungsverfahren. Potentielle Infektionsquellen können so schneller ermittelt und die weitere Ausbreitung der Infektion begrenzt werden. Im Rahmen dieses Projektes soll NGS am LGL in einem interdisziplinären Ansatz für Listeria monocytogenes und Salmonella enterica ssp. enterica sowie für thermophile Campylobacter Isolate etabliert und vorrangig das darauf basierende cgMLST, gegebenenfalls auch andere Verfahren, weiterentwickelt werden.

Die Etablierung und Validierung der NGS-Technologie ist Voraussetzung für die umfassende Ausgestaltung einer Typisierungsdatenbank für Human-, Veterinär-, Lebensmittel- und Umweltisolate, die in einem parallelen Schritt aufgebaut und mit den entsprechenden Daten bestückt werden soll. In die Datenbank sollen nicht nur Informationen zu Isolaten aus dem Bayerischen Landesamt für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit (LGL) einfließen, sondern auch zu Zoonoserregern, die im Rahmen von betrieblichen Eigenkontrollen in privaten Untersuchungseinrichtungen isoliert und aufgrund der Vorgaben der Verordnung mit lebensmittelrechtlichen Vorschriften zur Überwachung von Zoonosen und Zoonoseerregern (ZoonoseV) dem LGL zur Verfügung gestellt werden. Folgende Daten zu jedem Isolat sollen dabei in diese Datenbank eingepflegt werden:

  • diagnostische Daten (u.a. Daten aus kulturellen, biochemischen und molekularen Typisierungsverfahren)

  • Daten zur Herkunft der Isolate (bzw. Isolierungsdatum, Landkreis)

  • Daten zu den Betrieben, aus denen die Isolate stammen, u.a. soweit möglich Daten der Patienten (u.a. Alter, Geschlecht, Symptome bei Erkrankung)

Durch die interdisziplinäre Nutzung der Datenbank ist ein schneller und verlässlicher Abgleich von Typisierungsdaten möglich, gleichzeitig kann geprüft werden, ob sich im Falle identischer Typisierungsdaten auch ggf. ein vorläufiger epidemiologischer Zusammenhang herstellen lässt. Dies ermöglicht im Falle von humanen Erkrankungsfällen eine gezielte Suche nach der möglichen Infektionsquelle und dadurch eine zeitnahe Reaktion der zuständigen Behörden.

Laufzeit: 01.10.2017 - 31.09.2020