GenoSalmSurv: Integrierte genombasierte Surveillance von Salmonellen (BMG-Projekt; gemeinsam mit RKI und BfR)

Kurzbeschreibung:

Die Salmonellose ist eine Erkrankung, die durch Enterobakterien der Gattung Salmonella hervorgerufen wird. Sie ist nach der Campylobakteriose die zweithäufigste gemeldete bakterielle Durchfallerkrankung beim Menschen in Deutschland, jedoch ist die Hospitalisierungsrate bei Salmonellosen deutlich höher als bei Campylobacter-Enteritidien. Von besonderer gesundheitspolitischer und sozioökonomischer Bedeutung ist zudem, dass dieser Zoonoseerreger viele lebensmittelbedingte Krankheitsausbrüche verursacht. Im beantragten Projekt soll ein Modell für eine integrierte genombasierte Surveillance von Salmonellen etabliert werden, das auf dem Einsatz von modernen hochauflösenden Genomsequenzierverfahren basiert. Hierbei sollen die Referenzlaboratorien der Humanmedizin und der Lebensmittelüberwachung des Bundes unter Einbeziehung weiterer Institutionen des öffentlichen Gesundheitsdienstes (ÖGD) bzw. der Behörden für Lebensmittelsicherheit und Tiergesundheit der Länder zusammenarbeiten. Im Projekt sollen

1) Typisierungsmethoden incl. Genomsequenzanalyseverfahren für Salmonellen erhoben, harmonisiert und Bottlenecks erkannt,
2) möglichst lizenzfreie (open-source) Sequenzanalyse-Programme für die Clustererkennung und Typisierung von Salmonellen evaluiert und den Überwachungsbehörden sektorenübergreifend unterbreitet,
3) prospektive Genomsequenzierungen durchgeführt und die Sequenzdatenergebnisse zusammengeführt sowie
4) in den Überwachungsbehörden das neue Konzept vorgestellt und Multiplikatoren geschult werden.

Dies dient dem Zweck, das hochauflösende Verfahren der Genomanalyse zur Clustererkennung, Erregerüberwachung und Infektionsquellenanalyse allen beteiligten Behörden in einfacher Form zugänglich zu machen und damit dessen Etablierung sektorenübergreifend (One Health Konzept) zu beschleunigen und in breitem Maße zu realisieren.

Laufzeit: 1.3.2019 - 28.2.2022